Jego głównym celem jest uchwycenie trendów, czyli kierunków zmian zachodzących w przyrodzie pod wpływem różnorodnych czynników środowiskowych oraz określenie ich wpływu na organizmy lub siedliska przyrodnicze.

Podstawy monitoringu znajdują się już w tekście Konwencji o różnorodności biologicznej (podpisanej w Rio de Janeiro 5 czerwca 1992 r., Dz.U.02.184.1532 z 6 listopada 2002 r.), która określa monitoring przyrodniczy jako działania obejmujące wszystkie poziomy bioróżnorodności, tj. różnorodność ekosystemową, gatunkową i genetyczną.

Obowiązek monitorowania stanu gatunków i ich siedlisk jest nałożony na państwa członkowskie UE art. 11 Dyrektywy Siedliskowej (Dyrektywa Rady Nr 92/43 z 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory). W naszym kraju spełnienie tego obowiązku dotyczy 79 siedlisk przyrodniczych, 49 gatunków/rodzajów/podrodzajów roślin, a także 141 gatunków zwierząt (z wyłączeniem ptaków). W odniesieniu do motyli, jak dotąd w Polsce, monitoringiem objęte zostały następujące gatunki: barczatka kataks Eriogaster catax, krasopani hera Euplagia (=Callimorpha) quadripunctaria, czerwończyk fioletek Lycaena helle, modraszki - arion Phengaris (Maculinea) arion, eros (eroides) Polyommatus eros eroides, nausitous Phengaris (Maculinea) nausithous i telejus Phengaris (Maculinea) teleius, niepylak mnemozyna Parnassius mnemosyne, przeplatki - aurinia Euphydryas aurinia i maturna Euphydryas (Hypodryas) maturna, strzępotki - edypus Coenonympha oedippus i strzępotek hero Coenonympha hero, szlaczkoń szafraniec Colias myrmidone, górówka sudecka Erebia sudetica czy postojak wiesiołkowiec Proserpinus proserpina.

Dla każdego z wyżej wymienionych gatunków zostały opracowane stosowne metodyki monitoringu, które służą za podstawę pracy obserwatorów bezpośrednio w terenie. Wyniki prac ekspertów terenowych stanowią podstawę do oceny stanu zachowania populacji tychże gatunków i ich siedlisk, a w przypadku kolejnych badań wyznaczania trendów. Zarówno metodyki, jak też raporty z monitoringów z poszczególnych powierzchni dla odpowiednich lat dostępne są na stronach Generalnej Inspekcji Ochrony Środowiska http://www.gios.gov.pl.

Warto nadmienić, że w krajach takich jak Wielka Brytania, Niemcy czy Holandia co roku wolontariusze (często są nimi lokalni mieszkańcy) prowadzą obserwacje motyli łąkowych na transektach wytyczonych na stałych powierzchniach. Tego typu wieloletnie badania terenowe pozwalają na diagnozowanie stanu, a w konsekwencji zapobieganie negatywnym skutkom zmian w przyrodzie, prowadzą też do uzyskania danych dla zorganizowania skutecznej ochrony gatunków i układów ekologicznych.

W Polsce, monitorowanie składu gatunkowego poza obligatoryjnym monitoringiem gatunków i ich siedlisk w ramach sieci Natura 2000, nie jest jeszcze tak rozpropagowane na tak szeroką skalę jak w wybranych krajach Europy Zachodniej.